在研究期结束时，研究人员从参与者身上提取了粪便样本。结果发现在控制饮食的人群中出现了大量的肠道微生物组变化，包括普遍减少的细菌多样性。这项新研究的第一作者 Reiner Jumpertz von Schwartzenberg 说，除了减少肠道细菌的总体数量，控制饮食似乎明显改变了剩余微生物的行为。
他解释说：“我们能够观察到细菌如何调整它们的新陈代谢，以便吸收更多的糖分子，并通过这样做使它们不能被人类宿主利用。可以说我们观察到了‘饥饿的微生物组’的发展”。
接下来，研究人员从试验中体重减轻最多的 5 名受试者身上提取粪便样本，并将其移植到没有微生物组的小鼠身上。令人震惊的是，接受节食后粪便移植的小鼠很快就减掉了大约 10% 的总体重，尽管继续吃正常的饮食。当小鼠在开始节食前接受来自同一人类受试者的粪便移植时，没有发现任何体重下降。
研究的最后一步是详细分析人类节食者的微生物组，试图找出可能导致体重下降的任何特定微生物因素。一种特殊的细菌迅速被发现-- 艰难梭状芽孢杆菌（C. difficile）。
C. difficile 数量增加通常与使用抗生素导致的肠道炎症有关。严重的腹泻和结肠炎往往是艰难梭菌过度生长的最终结果，然而，在节食的受试者中没有发现这些负面症状。高级作者Peter Turnbaugh说：“通常情况下，我们会预测在艰难梭菌增加后，炎症会增加，甚至结肠炎”。
对接受节食后粪便移植的动物进行更仔细的检查，发现了非常温和的炎症迹象，但没有任何东西会引发类似结肠炎的负面症状。Turnbaugh说，这表明艰难梭菌在代谢方面的作用与该细菌驱动肠道炎症的能力完全不同。
现阶段还不清楚更多的艰难梭菌是如何导致体重减轻而不引发肠道炎症的。众所周知，艰难梭菌在脂肪代谢和通过肠壁吸收营养方面发挥着作用。但特恩鲍强调，这些发现并不意味着人们应该把艰难梭菌作为某种减肥益生菌来寻求。
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