这项研究发表在本周的《科学》上。其中一个以DNA Zoo为中心,这是一个由数十家机构组成的国际联盟,其包括贝勒医学院、National Science Foundation支持的在莱斯大学、西澳大利亚大学和SeaWorld的理论生物物理中心(CTBP)。
DNA Zoo的科学家们一直在一起对染色体--它们可以有几米长--是如何折叠以适应不同物种的细胞核进行分类。
这项新研究的论文第一作者之一Olga Dudchenko指出:“无论我们观察的是蠕虫还是海胆、海鞘还是珊瑚,我们都不断看到相同的折叠模式出现。”据悉,Dudchenko是贝勒基因组结构中心和CTBP的成员。
最终,该团队意识到,他们只是看到了两个整体核设计的变种。“在一些物种中,染色体的组织方式就像印刷的报纸,一边是外边缘,另一边是中间折叠的,”Dudchenko说道,“在其他物种中,每条染色体都被揉成一个小球。”他是DNA Zoo的联合主任。
“因此我们遇到了一个难题,”Erez Lieberman Aiden说道。“数据表明,在进化过程中,物种可以在一种类型和另一种类型之间来回切换。我们想知道:它的控制机制是什么?有可能在实验室里把一种细胞核变成另一种吗?”Aiden是贝勒的一位副教授,同时还是DNA Zoo的联合主任也是这项新研究的资深作者。
与此同时,荷兰的一个独立团队发现了一些意想不到的东西。该研究的论文第一作者之一、荷兰癌症研究所Benjamin Rowland实验室成员Claire Hoencamp表示,“我当时正在对一种名为凝缩素II的蛋白质进行实验,我们知道它在细胞分裂中发挥着作用。但我们观察到了最奇怪的事情:当我们使人类细胞中的蛋白质发生突变时,染色体会完全重新排列。这令人困惑的!”
“当我们观察DNA Zoo正在研究的基因组时,我们发现进化已经完成了我们的实验很多很多次了!当一个物种的突变打破凝缩素II,它们通常会翻转整个细胞核结构,”该研究的论文资深作者Rowland说道,“在实验中抢先一步总是让人有点失望,但进化已经领先了很长一段时间。”
为此,该团队决定共同努力来确认凝缩素II的作用。但随后,因为COVID-19大流行爆发,世界大部分地区关闭。
“没有进入我们的实验室,我们只剩下一种方法来确定凝缩素II在做什么,”Hoencamp说道,“我们需要创建一个计算机程序,它可以模拟凝缩素II对包含每个人类染色体的数亿个基因字母链的影响。”
为此,这个团队求助她是莱斯大学物理学教授、CTBP联合主任José Onuchic。他说道:“我们的模拟显示,通过破坏凝缩素II,你可以使人类的核重组成类似于苍蝇的核,”
Brahmachari还表示:“我们首先对20亿年的核演化进行了非常广泛的调查。我们发现,很多事情都可以归结为一个简单的机制,我们可以自己在试管中模拟和概括。这是迈向一种新型基因组工程的令人兴奋的一步--3D!”
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